Fin dall'introduzione delle prime piante acquatiche, l'acqua della vasca viene colonizzata velocemente da numerose specie di invertebrati che giocano un ruolo importante nell'ecosistema. La loro presenza è il segno che il laghetto è pronto a ricevere specie animali più evolute quali gli anfibi, i rettili e i pesci.
La maggior parte degli invertebrati arriveranno spontaneamente nel nostro stagno. Le libellule ed i coleotteri acquatici sono capaci di superare grandi distanze per migrare da una zona acquatica all'altra. Le specie più sedentarie, come le lumache d'acqua, vivono appese alle foglie o alle radici delle piante sommerse. Sono introdotte, generalmente, in modo accidentale con le piante acquatiche, spesso sotto forma di uova o di larve.
I piccoli animali che vivono sul fondo dello stagno costituiscono il "benthos", mentre le specie che vivono in sospensione nell'acqua formano il "plancton", composti rispettivamente da alghe unicellulari o "Fitoplancton" e da una grande quantità di animali minuscoli e molto prolifici, lo "Zooplancton".
Ne fanno parte i rotiferi ed i protozoi la cui taglia non supera 0,1 mm e diversi crostacei (dafnie, copepodi) la cui taglia può raggiungere 2 mm. La maggior parte di questi piccoli animali sono fitofagi, cioè consumano alghe unicellulari. Certi sono carnivori, nutrendosi di animali più piccoli, altri sono necrofagi, nutrendosi di scarti organici prodotti dalla fauna e dalla flora della vasca.
L'insieme, bentos e plancton, gioca un ruolo molto utile come filtro naturale dell'acqua, coadiuvato dall'azione dei molluschi, Anodonta ed Unio, e dei gasteropodi (lumache d'acqua) Limnea e Planorbis.
Gli insetti sono largamente rappresentati sia allo stato larvale che allo stato adulto. Costituiscono un cibo indispensabile alla sopravvivenza degli anfibi e dei pesci. Per accelerare l'invecchiamento del laghetto è possibile introdurre delle lumache d'acqua (cinque per specie sono più che sufficienti) oppure una caraffa d'acqua contenente plancton e una caraffa di limo di fondo contenente benthos, prelevate da un'altro laghetto. Questa quantità permette di inseminare una vasca da 5 a 10 mq. Non devono essere introdotti pesci per almeno 4-6 settimane, per dar modo alla microfauna introdotta di colonizzare l'insieme della vasca.
